蛋白质结构预测置信度分析 | iLIS·ipSAE·ipTM 指标计算

相互作用分析摘要

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点击行可切换模型。这将更新下方的所有可视化图表和脚本。

排名/模型	链对	iLIS	iLIA	iLISA	ipSAE	actifpTM	ipTM	LIS	cLIS	LIR (i/j)	cLIR (i/j)

iLIS: ≥0.551 (1% FPR) ≥0.339 (5% FPR) ≥0.223 (10% FPR) <0.223 (低于阈值)

iLIS (平均): ≥0.303 (1% FPR) ≥0.120 (5% FPR) ≥0.073 (10% FPR) <0.073 (低于阈值)

阈值基于在酵母、果蝇和人类中进行的大规模 Y2H 参考集预测（使用 ColabFold）。详见 Kim et al., 2026 的 iLIS 基准测试。不同平台可能需要不同的阈值。

得分矩阵

左下：iLIS (橙色)。右上：iLIA (绿色)。对角线：自身。

预测对齐误差 (PAE) 图谱

0预测对齐误差 (Å)30

本地相互作用得分 (LIS) 图谱 (PAE ≤ 12 Å)

0本地相互作用得分 (LIS)1

接触过滤本地相互作用得分 (cLIS) 图谱 (PAE ≤ 12 Å & Cβ ≤ 8 Å)

0接触过滤 LIS (cLIS)1

序列查看器

浅色背景 = LIR (PAE ≤ 12 Å)。深色背景+白色文字 = cLIR (PAE ≤ 12 Å & Cβ ≤ 8 Å)。每条链使用其自身的颜色。

线性接触图

连线代表 3D 结构中 Cβ 距离内的 cLIR 残基对。颜色从链 A 渐变到链 B。

环形接触图

圆弧代表各条链。连线代表所有链对之间存在物理接触的 cLIR 残基对。

当前所选模型

所有模型合并

3D 结构查看器

基于 Mol* 的交互式 3D 预览 (Sehnal et al. 2021)。LIR 区域显示为卡通 (Cartoon) 模式；cLIR 残基被高亮。拖动旋转，滚轮缩放。

可视化脚本

局部相互作用残基 (LIR) 显示设置

填补空隙 ≤ 个残基 | 最小片段 ≥ 个残基

“填补空隙”用于连接短距离的断裂以获得连续的卡通展示。“最小片段”用于移除长度低于阈值的孤立 LIR 片段。

显示完整结构 (显示所有残基，而不仅仅是 LIR) 非 LIR 部分显示为灰色 (将非界面残基着色为灰色) 阈值设置

PAE 阈值 (Å):

Cβ 阈值 (Å):

颜色预设 — 渐变 (LIR 浅色, cLIR 深色)

青色 / 珊瑚色

蓝色 / 橙色

紫色 / 金色

板岩色 / 玫瑰色

靛蓝色 / 橘红色

绿色 / 红色

颜色预设 — 高对比度 (4 种颜色各不相同)

青 / 藏蓝 / 桃 / 深红

天蓝 / 靛蓝 / 鲑鱼 / 红

石灰 / 森林 / 金 / 栗色

薄荷 / 深青 / 杏 / 焦橙

兰花 / 紫 / 黄 / 火红

蓝 / 藏蓝 / 鼠尾草 / 灰烬

颜色预设 — 纯色

青色 / 珊瑚色

蓝色 / 橙色

紫色 / 金色

钢蓝 / 小麦色

矢车菊蓝 / 番茄红

颜色预设 — 着色模式

pLDDT

按链着色

按聚合物

配色方案

链 A (蛋白质 1)

LIR

#80CBC4

cLIR

#00897B

链 B (蛋白质 2)

LIR

#FFAB91

cLIR

#E64A19

↓ 下载 .cxc 脚本 ↓ 下载结构文件 ↓ 下载所有链的 .cxc 脚本

将脚本和结构文件放在同一个文件夹中，然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本。“所有链”脚本将显示带有 LIR 区域的所有链，并按链着色。

残基级链内 LIS 和 pLDDT

各模型中每条链的残基级指标。实线为所选模型；淡色线条为其他模型；虚线为平均值。

使用说明 (完整指南)

快速入门

在任何受支持的平台上运行预测
下载/导出预测结果
将文件拖放到上方 — 系统会自动检测平台类型
点击 “开始处理” 计算 AFM-LIS 指标
点击表格中的链对，生成 ChimeraX 脚本
下载脚本 (.cxc 或 .pml) 和结构文件，放在同一个文件夹中

平台特定提示

AlphaFold3: 直接拖放来自 AlphaFold Server 的整个 zip 文件
ColabFold: 上传输出文件夹，或选择单个 _unrelaxed_rank_*.pdb 和 _scores_rank_*.json 文件
Boltz-1/2: 上传包含 .cif, confidence_*.json 和 pae_*.npz 文件的输出文件夹
Chai-1: 上传包含 pred.model_idx_*.cif 和 scores 文件的输出文件夹
OpenFold: 上传包含 .cif 和 *_full_data*.json 文件的文件夹
通用 (Generic): 任何包含 PAE JSON 文件 (含有 predicted_aligned_error 字段) 的 .cif/.pdb 文件

AFM-LIS 指标 (Kim et al. 2024; Kim et al. 2026)

iLIS	集成 LIS — √(LIS × cLIS)
iLIA	集成 LIA — √(LIA × cLIA)，界面面积计数的几何平均值
iLISA	集成 LISA — iLIS × iLIA，总体结合强度指标
LIS	局部相互作用得分 — 归一化的 PAE 置信度 (0–1)
cLIS	接触过滤 LIS — 仅限于直接物理接触的残基
LIR	局部相互作用残基 (PAE ≤ 12 Å)
cLIR	接触过滤 LIR (PAE ≤ 12 Å 且 Cβ ≤ 8 Å)

预测平台提供的置信度指标

ipTM	界面预测 TM-score — 预测模型给出的全局界面置信度
ipSAE	基于对齐误差的相互作用预测得分 (Dunbrack, 2025)
actifpTM	实际界面 pTM (Varga et al., 2025)

PAE（预测对齐误差）衡量模型预测两个残基相对位置的置信度 — 数值越低代表置信度越高。

LIVIA — 预测分析