相互作用分析摘要
↓ 下载 CSV点击行可切换不同的预测模型 (Rank)。这将更新下方的所有可视化图表和脚本。
| 等级 | 基因 1 | 基因 2 | iLIS | iLIA | iLISA | ipTM | LIR (A/B) | cLIR (A/B) | 长度 (A/B) |
|---|
iLIS:
≥0.551 (1% FPR)
≥0.339 (5% FPR)
≥0.223 (10% FPR)
<0.223 (低于阈值)
iLIS (平均):
≥0.303 (1% FPR)
≥0.120 (5% FPR)
≥0.073 (10% FPR)
<0.073 (低于阈值)
阈值基于酵母、果蝇和人类的大规模 Y2H 参考集，使用 ColabFold 预测。详见 Kim et al., 2026 的 iLIS 基准测试。由 ipTM 决定的 Rank 1 并不一定具有最高的 iLIS。
可视化脚本生成
填充间隙 ≤
个残基
|
最小片段 ≥
个残基
填充间隙可连接短的断裂处，以形成连续的卡通图。最小片段可移除短于阈值的孤立 LIR 片段。
肽链 A (蛋白质 1)
LIR — 置信结构域 (PAE ≤ 12)
#80CBC4
cLIR — 置信界面 (PAE ≤ 12 且 Cβ ≤ 8 Å)
#00897B
肽链 B (蛋白质 2)
LIR — 置信结构域 (PAE ≤ 12)
#FFAB91
cLIR — 置信界面 (PAE ≤ 12 且 Cβ ≤ 8 Å)
#E64A19
水鸭绿 / 珊瑚橙
蓝色 / 橙色
紫色 / 金色
板岩灰 / 玫瑰红
靛蓝 / 橘黄
绿色 / 红色
青 / 藏蓝 / 桃 / 绯红
天蓝 / 靛蓝 / 鲑鱼 / 红
青柠 / 森林绿 / 金 / 栗红
薄荷 / 深绿 / 杏黄 / 焦橙
兰花紫 / 紫 / 黄 / 燃橙
淡蓝 / 藏蓝 / 鼠尾草 / 烬
水鸭绿 / 珊瑚橙
蓝色 / 橙色
紫色 / 金色
板岩灰 / 玫瑰红
钢蓝 / 麦黄
矢车菊蓝 / 番茄红
天蓝 / 金色
淡绿 / 梅红
三文鱼色 / 水鸭绿
pLDDT
按肽链
按聚合体
.pdb 链接将从 FlyPredictome 打开。请将其保存在与脚本文件相同的文件夹中，然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本。
使用说明 (完整指南)
快速开始
- 访问 FlyPredictome 并搜索蛋白质对
- 复制 FlyPredictome 结果页面的 URL
- 将 URL 粘贴到上方并点击 生成
- 下载脚本 (.cxc 或 .pml) 和结构文件 (.pdb)，并将它们放在同一个文件夹中
- 在 ChimeraX (
.cxc) 或 PyMOL (.pml) 中打开脚本
AFM-LIS 指标 (Kim et al. 2024; Kim et al. 2026)
| iLIS | 集成 LIS — √(LIS × cLIS) |
| iLIA | 集成 LIA — √(LIA × cLIA), 界面面积计数的几何平均值 |
| iLISA | 集成 LISA — iLIS × iLIA, 总体结合强度 |
| LIS | 局部相互作用评分 (Local Interaction Score) — 归一化的 PAE 置信度 (0–1) |
| cLIS | 经过接触过滤的 LIS (contact-filtered LIS) — 仅限于直接接触 |
| LIR | 局部相互作用残基 (Local Interaction Residues, PAE ≤ 12 Å) |
| cLIR | 经过接触过滤的 LIR (PAE ≤ 12 Å 且 Cβ ≤ 8 Å) |
置信度指标 (来自 ColabFold)
| ipTM | 界面预测 TM 评分 (interface predicted TM-score) — 预测模型的全局界面置信度 |
PAE (预测对齐误差) 衡量模型预测两个残基相对位置的置信度 — 数值越低，置信度越高。