LIVIA — AlphaFold DB 单体结构域分析

分析来自 AlphaFold 蛋白质结构数据库 (Varadi et al., 2022) 的 AlphaFold 单体预测中的分子内相互作用

获取 AlphaFold 单体预测  (数据从 AlphaFold 数据库获取 — 所有分析在浏览器本地运行)
示例:

区域对摘要

区域对iLISiLIAiLISALIScLISLIR (i/j)cLIR (i/j)
↓ 下载 CSV

可视化脚本

填充间隔 ≤ 残基 | 最小区段 ≥ 残基
间隙填充可桥接短间隔以实现连续卡通效果。最小区段移除短于阈值的孤立 LIR 片段。
PAE 阈值 (Å):
Cβ 阈值 (Å):
Teal / Coral → 水鸭绿 / 珊瑚橙
Blue / Orange → 蓝色 / 橙色
Purple / Gold → 紫色 / 金色
Slate / Rose → 板岩灰 / 玫瑰红
Indigo / Tangerine → 靛蓝 / 橘黄
Green / Red → 绿色 / 红色
Cyan / Navy / Peach / Crimson → 青 / 藏蓝 / 桃 / 绯红
Sky / Indigo / Salmon / Red → 天蓝 / 靛蓝 / 鲑鱼 / 红
Lime / Forest / Gold / Maroon → 青柠 / 森林 / 金色 / 栗色
Mint / DarkTeal / Apricot / Burnt → 薄荷 / 深水鸭绿 / 杏 / 焦橙
Orchid / Purple / Yellow / Fire → 兰花紫 / 紫色 / 黄色 / 烈火
Blue / Navy / Sage / Ember → 蓝色 / 藏蓝 / 鼠尾草 / 余烬
Teal / Coral → 水鸭绿 / 珊瑚橙
Blue / Orange → 蓝色 / 橙色
Purple / Gold → 紫色 / 金色
Slate / Rose → 板岩灰 / 玫瑰红
Steel / Wheat → 钢蓝 / 麦色
Cornflower / Tomato → 矢车菊蓝 / 番茄红
SkyBlue / Gold → 天蓝 / 金色
LightGreen / Plum → 浅绿 / 梅色
Salmon / Teal → 鲑鱼红 / 水鸭绿
pLDDT
bychain
bypolymer

↓ 下载 .cxc ↓ 下载 .pdb
将脚本和 .pdb 文件放在同一文件夹中,然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本。
使用方法  (完整指南)

快速开始

  1. 输入 UniProt ID(例如 P28482)并点击 获取
  2. 按残基范围定义两个或更多感兴趣区域
  3. 点击 计算 计算相互作用指标
  4. 查看 PAE 图谱、iLIS 分数和区域对表格
  5. 下载脚本和 .pdb 文件,放在同一文件夹中,然后在 ChimeraX (.cxc) 或 PyMOL (.pml) 中打开脚本

AFM-LIS 指标 (Kim et al. 2024; Kim et al. 2026)

iLIS整合 LIS — √(LIS × cLIS)
iLIA整合 LIA — √(LIA × cLIA),界面面积计数的几何平均
iLISA整合 LISA — iLIS × iLIA,整体结合强度
LIS局部相互作用分数 — 归一化 PAE 置信度(0–1)
cLIS接触过滤 LIS — 仅限制于直接接触
LIR局部相互作用残基(PAE ≤ 12 Å)
cLIR接触过滤 LIR(PAE ≤ 12 Å 且 Cβ ≤ 8 Å)

PAE(预测对齐误差)衡量模型预测两个残基相对位置的置信度 — 值越低表示置信度越高。