LIVIA — 关于

快速开始

1. 使用任何支持的平台运行预测（AlphaFold3、AlphaFold2、ColabFold、Boltz-1/2、Chai-1 或 OpenFold3）
2. 打开 预测分析 并上传您的预测文件（.zip、.gz、.cif、.pdb、.json、.npz、.npy）
3. 工具自动检测预测平台并显示可用模型/等级
4. 可选：调整 PAE 截止值（默认：12 Å）和 Cβ 截止值（默认：8 Å），然后点击 处理
5. 探索 PAE/LIS/cLIS 图谱、评分矩阵和链对表格
6. 点击链对表格中的一行以生成可视化脚本
7. 下载 .cxc 脚本和结构文件，将它们放在同一文件夹中，然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本

支持的平台

• AlphaFold3 — .cif + summary_confidences + full_data JSON（来自 AlphaFold Server 或本地）
• AlphaFold2 — ranked_*.pdb + PAE JSON（PAE 必须从 .pkl 预先转换）
• ColabFold — *_unrelaxed_rank_*.pdb + *_scores_rank_*.json
• Boltz-1/2 — .pdb/.cif + confidence_*.json + pae_*.npz
• Chai-1 — pred.rank_*.cif + scores.rank_*.json（PAE 在 JSON 或 .npy 中）
• OpenFold3 — result_sample_*_model.pdb + confidences JSON
• Tamarind Bio — 通过 Tamarind 从任何平台输出（自动检测）
• 通用 — 任何带有 PAE JSON 文件的 .cif/.pdb

功能

• 自动检测 — 根据文件名自动识别预测平台
• 压缩文件 — 接受 .zip、.gz 文件；在浏览器中解压
• PAE 图谱 — 蓝-白-红（bwr）配色，按模型/等级
• LIS 图谱 — matplotlib Blues 配色，PAE 双向平均
• cLIS 图谱 — matplotlib Greens 配色，接触过滤
• 评分矩阵 — iLIS（Oranges，左下）/ ipTM（Purples，右上）
• 残基计数矩阵 — LIR（Blues）/ cLIR（Greens）
• 序列查看器 — 氨基酸字母带 LIR/cLIR 高亮
• 配色预设 — 渐变、纯色、pLDDT 着色、按链着色、按聚合物着色
• NPZ/NPY 解析器 — 在浏览器中读取 Boltz PAE（.npz）和 Chai-1 PAE（.npy）
• 下载 — .cxc 脚本、结构文件、含完整指标的 CSV

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1. 前往 FlyPredictome，搜索蛋白对，然后复制预测页面 URL
2. 打开 果蝇预测组分析，粘贴 URL 然后点击 生成
3. 查看 全部等级 表格 — 点击任意行可在等级 1–5 之间切换
4. 探索指标（iLIS、ipTM、LIR/cLIR 计数）、序列查看器和可视化脚本预览
5. 下载脚本（ChimeraX 用 .cxc 或 PyMOL 用 .pml）和结构文件，将它们放在同一文件夹中，然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本

功能

• 全部等级表格 — 显示所有 5 个排序模型的 iLIS、LIS、cLIS、ipTM、LIR/cLIR 计数；点击任意行可加载该等级
• 序列查看器 — 显示每条链的实际氨基酸字母，带 LIR（浅色）和 cLIR（深色）高亮
• 可视化脚本 — 语法高亮预览，含配色预设（渐变、纯色、着色模式）；交换 A ↔ B 按钮可反转链颜色
• 线性接触图谱 — 连线连接物理接触中的 cLIR 残基对，颜色从链 A 渐变到链 B
• 环形接触图谱 — 环形弦图显示链弧（与长度成比例）和连接接触中 cLIR 残基对的连线
• 下载 — .cxc 脚本、.pdb 结构和含所有等级完整指标的 CSV

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1. 打开 同源相互作用组 并搜索人类基因（例如 CDK2、TP53）
2. 浏览相互作用伙伴表格 — 点击任意行加载详情页
3. 或在粘贴 URL 标签页中直接粘贴 famdb_details_ortho URL
4. 查看等级、接触图谱、3D 查看器和可视化脚本
5. 下载 ChimeraX 或 PyMOL 用的脚本和结构文件

功能

• 基因搜索 — UniProt 自动补全，含物种选择器（人类、小鼠、斑马鱼、线虫、酵母）
• 伙伴表格 — 显示 iLIS（最佳/平均）、ipTM、蛋白长度；可按 iLIS 阈值过滤
• 预构建示例 — CDK2–CCNA2、TP53–MDM2、MAPK14–MKNK1、ABL1–CRK 等
• MIST 集成 — 显示来自 MIST 数据库的已报道相互作用
• 完整分析流程 — 与 FlyPredictome 相同（等级、接触图谱、Mol* 查看器、脚本）

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1. 打开 AlphaFold DB 二聚体分析 并输入 UniProt ID（例如 P69905）、模型实体 ID（例如 AF-0000000066214167）或完整 AlphaFold DB URL
2. 点击 搜索二聚体 — 将出现可用二聚体复合物表格，含 LIS、ipTM 和 ipSAE 评分
3. 点击表格中的二聚体行进行加载 — 工具会自动从 AlphaFold DB 获取 CIF 和 PAE 数据
4. 查看 PAE/LIS/cLIS 图谱、评分矩阵、序列查看器和指标（iLIS、LIS、cLIS、ipTM、ipSAE）
5. 下载脚本（.cxc/.pml）和结构文件，将它们放在同一文件夹中，然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本

功能

• 灵活输入 — 接受 UniProt ID、AlphaFold 模型实体 ID 或完整 AlphaFold DB URL
• 二聚体搜索表格 — 列出蛋白的所有可用二聚体预测，含复合物名称、类型、基因名称、LIS、ipTM 和 ipSAE；点击任意行可选择
• 从 AlphaFold DB 自动获取 — CIF 结构和 PAE 矩阵直接从数据库获取
• PAE/LIS/cLIS 图谱 — 与通用工具相同的配色（bwr、Blues、Greens）
• 评分矩阵 — iLIS（Oranges）/ cLIR 计数（Greens）
• 序列查看器 — 氨基酸字母带 LIR（浅色）和 cLIR（深色）每链高亮
• ipSAE 指标 — 来自对齐误差的相互作用预测评分（Dunbrack, 2025）
• actifpTM 指标 — 实际界面 pTM（Varga et al., 2025）
• 可视化脚本 — 配色预设含交换 A ↔ B 支持
• 下载 — .cxc 脚本、.cif 结构、含完整指标和 LIR/cLIR 索引的 CSV

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1. 打开 AlphaFold DB 单体结构域分析 并输入 UniProt ID（例如 P31749）— 输入时会出现自动补全建议
2. 点击 获取 — 工具从 AlphaFold DB 检索 PDB 结构和 PAE 矩阵
3. 结构域使用基于 pLDDT 的分割 自动检测；如有需要可调整设置（最小长度、合并 LIS 阈值、pLDDT 截止值）
4. 点击 检测结构域 以新设置重新检测，或手动编辑结构域边界
5. 查看 PAE/LIS/cLIS 图谱、结构域间的 iLIS/cLIR 评分矩阵和序列查看器
6. 下载脚本（.cxc/.pml）和结构文件，将它们放在同一文件夹中，然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本

功能

• 从 AlphaFold 数据库自动获取 — 通过 UniProt ID 直接获取 PDB 结构和 PAE 矩阵
• 基于 LIS/pLDDT 的结构域检测 — 使用平滑的逐残基 pLDDT 评分和相邻片段间的 LIS 自动检测结构域边界，含可调参数：
  • 最小区域长度（默认：15 个残基）
  • 合并 LIS 阈值（默认：0.35）— 具有高相互 LIS 的相邻区域将被合并（越高 = 越少合并）
  • pLDDT 截止值（默认：50）— 低于此值的残基被视为无序连接子
• 分子内 iLIS — 计算所有检测到的结构域对之间的 iLIS，以量化结构域–结构域相互作用
• 评分矩阵 — 结构域间的 iLIS（Oranges，左下）/ cLIR 计数（白到绿，右上）
• PAE/LIS/cLIS 图谱 — 与通用工具相同的配色（bwr、Blues、Greens），叠加结构域边界
• 序列查看器 — 氨基酸字母带 LIR（浅色）和 cLIR（深色）每结构域对高亮
• 脚本预设 — 结构域着色视图（默认）、pLDDT 着色、按链着色、按聚合物着色
• 下载 — .cxc 脚本、.pdb 结构、含结构域对指标的 CSV

所有工具均包含可调节的 LIR 显示设置，影响可视化脚本和 3D 查看器：

• 间隙填充（默认：10 个残基）— 桥接 LIR 区域间的短断裂以显示连续卡通图。
• 最小片段（默认：3 个残基）— 移除短于阈值的孤立 LIR 片段。被移除片段内的 cLIR 残基也会被移除。

更改数值后点击 应用 以更新可视化脚本和 3D 查看器。

所有四个工具均包含 序列查看器，用于显示每条链或结构域的实际氨基酸序列（单字母代码）。残基根据其相互作用状态进行着色：

残基编号以间隔显示。查看器水平滚动以显示长序列。

图谱配色

所有工具对图谱和矩阵使用一致、固定的配色。这些不受配色预设影响。

可视化脚本颜色

可视化脚本（ChimeraX 用 .cxc，PyMOL 用 .pml）使用链颜色，您可以通过预设进行自定义。默认为青色/珊瑚色渐变。

• 渐变 — LIR 用浅色，cLIR 用深色（如：蓝/橙、紫/金、青/珊瑚）
• 纯色 — LIR 和 cLIR 使用相同颜色
• 命名颜色 — 熟悉的颜色（Cornflower/Tomato、SkyBlue/Gold 等）
• 多链（tab10） — 为每条链自动分配不同颜色，用于超过 2 条链的复合物
• 交换 A ↔ B 按钮 — 反转链颜色而不改变颜色组合

着色模式预设

单体工具在默认结构域着色视图之外提供额外的着色预设：

• pLDDT 着色 — 按 AlphaFold 置信度对残基着色：很高（>90）、可信（70–90）、低（50–70）、很低（<50）
• 按链着色 — 链着色
• 按聚合物着色 — 聚合物着色

应用颜色更改

选择预设时，配色预设和自定义颜色会自动更新可视化脚本（ChimeraX/PyMOL）。PAE/LIS/cLIS 图谱使用固定色标，不受颜色选择影响。

对于大规模批量分析大量预测，请使用 AFM-LIS 仓库中的 lis.py。它支持所有相同的平台（AlphaFold3、ColabFold、Boltz、Chai-1、OpenFold3），自动检测预测格式，并输出 CSV。

功能：.gz/.xz 解压、增量 CSV 输出（可安全中断和恢复）、带 ETA 的进度条。