AlphaFold DB 二聚体界面分析 | iLIS·iLIA·iLISA 蛋白复合物评估

相互作用分析摘要

蛋白质 A	蛋白质 B	iLIS	iLIA	iLISA	ipSAE	actifpTM	ipTM	LIS	cLIS	LIR (A/B)	cLIR (A/B)

↓ 下载 CSV

iLIS: ≥0.551 (1% FPR) ≥0.339 (5% FPR) ≥0.223 (10% FPR) <0.223 （低于阈值）

阈值基于酵母、果蝇和人类的大规模 Y2H 参考集（使用 ColabFold 预测）。有关 iLIS 基准详情，见 Kim et al., 2026。

图谱

二聚体 vs 单体比较（链内 LIS 与 pLDDT）

比较链在单独预测（单体）与作为复合物的一部分（二聚体）时的逐残基指标。链内 LIS 衡量同一链内的内部折叠置信度。绿色阴影 = 二聚体环境中的增益；红色 = 损失。

序列查看器

浅色背景 = LIR（PAE ≤ 12 Å）。深色背景配白色文字 = cLIR（PAE ≤ 12 Å 且 Cβ ≤ 8 Å）。每条链使用自己的颜色。

线性接触图

连线连接 3D 结构中 Cβ 距离内的 cLIR 残基对。从链 A 到链 B 的颜色渐变。显示 UniProt 注释（如有）。

环形接触图

弧线代表链（长度成比例）。连线连接物理接触的 cLIR 残基对。

3D 结构查看器

由 Mol* (Sehnal et al. 2021) 驱动的交互式 3D 预览。LIR 区域以卡通模式显示；cLIR 残基高亮。拖拽旋转，滚轮缩放。

可视化脚本

局部相互作用残基 (LIR) 显示

填充间隔 ≤ 残基 | 最小区段 ≥ 残基

间隙填充可桥接短间隔以实现连续卡通效果。最小区段移除短于阈值的孤立 LIR 片段。

显示完整结构（显示所有残基而非仅 LIR）非 LIR 灰色化（将非相互作用残基着色为灰色）阈值

PAE 阈值 (Å)：

Cβ 阈值 (Å)：

预设 — 渐变色（LIR 浅，cLIR 深）

Teal / Coral → 水鸭绿 / 珊瑚橙

Blue / Orange → 蓝色 / 橙色

Purple / Gold → 紫色 / 金色

Slate / Rose → 板岩灰 / 玫瑰红

Indigo / Tangerine → 靛蓝 / 橘黄

Green / Red → 绿色 / 红色

预设 — 高对比度（4 色均不同）

Cyan / Navy / Peach / Crimson → 青 / 藏蓝 / 桃 / 绯红

Sky / Indigo / Salmon / Red → 天蓝 / 靛蓝 / 鲑鱼 / 红

Lime / Forest / Gold / Maroon

Mint / DarkTeal / Apricot / Burnt

Orchid / Purple / Yellow / Fire

Blue / Navy / Sage / Ember

预设 — 纯色

Teal / Coral → 水鸭绿 / 珊瑚橙

Blue / Orange → 蓝色 / 橙色

Purple / Gold → 紫色 / 金色

Slate / Rose → 板岩灰 / 玫瑰红

Steel / Wheat

Cornflower / Tomato

SkyBlue / Gold

LightGreen / Plum

Salmon / Teal

预设 — 着色模式

pLDDT

bychain

bypolymer

配色方案

链 A

LIR

#80CBC4

cLIR

#00897B

链 B

LIR

#FFAB91

cLIR

#E64A19

↓ 下载 .cxc ↓ 下载 .cif

将脚本和 .cif 文件放在同一文件夹中，然后在 ChimeraX 或 PyMOL 中打开脚本。

使用方法 (完整指南)

快速开始

输入 UniProt ID 并点击 搜索二聚体
从结果表格中选择一个二聚体
探索 PAE、LIS 和 cLIS 图谱
查看指标（iLIS、LIS、cLIS、ipTM、pDockQ2、pLDDT）和图谱
下载脚本和 .cif 文件，放在同一文件夹中，然后在 ChimeraX (.cxc) 或 PyMOL (.pml) 中打开脚本

AFM-LIS 指标 (Kim et al. 2024; Kim et al. 2026)

iLIS	整合 LIS — √(LIS × cLIS)
iLIA	整合 LIA — √(LIA × cLIA)，界面面积计数的几何平均
iLISA	整合 LISA — iLIS × iLIA，整体结合强度
LIS	局部相互作用分数 — 归一化 PAE 置信度（0–1）
cLIS	接触过滤 LIS — 仅限制于直接接触
LIR	局部相互作用残基（PAE ≤ 12 Å）
cLIR	接触过滤 LIR（PAE ≤ 12 Å 且 Cβ ≤ 8 Å）

置信度指标（来自 AlphaFold DB）

ipTM	界面预测 TM-score — 来自预测模型的全局界面置信度
ipSAE	交互预测 Aligned Errors 分数 (Dunbrack, 2025)
actifpTM	实际界面 pTM (Varga et al., 2025)

PAE（预测对齐误差）衡量模型预测两个残基相对位置的置信度 — 值越低表示置信度越高。

LIVIA — AlphaFold DB 二聚体分析